Seit der Neueröffnung 2006 steht im Bode-Museum das Museum für Byzantinische Kunst, die Skulpturensammlung und das Münzkabinett wieder in vollem Umfang der Öffentlichkeit zur Verfügung. Als bedeutender Teil der Museumsinsel und somit Teil des UNESCO Weltkulturerbes ist der beeindruckende Kuppelbau, an der Spitze der Spreeinsel gelegen, ein Publikumsmagnet erster Güte. Das neobarocke Gebäude mit seinen vier für das Publikum erschlossenen Innenhöfen beherbergt auf ca. 11.000 m² Nutzfläche bedeutende Kunstschätze alter Skulpturen, byzantinischer Kunst und des Münzkabinetts, mit dem Themenschwerpunkt Italien, hier vor allem die italienische Frührenaissance. Terrakotten von Luca della Robbia, Skulpturen von Donatello und Mino da Fiesole gehören zu den Höhepunkten der Sammlung. Ebenfalls vertreten sind die deutschen Bildhauer der Spätgotik, unter anderen mit Tilman Riemenschneider, aber auch Werke aus Barock, Rokoko und Renaissance. Das Ausstellungskonzept ist dabei an die ursprüngliche Idee des Initiators Wilhelm Bode angelehnt, in authentisch eingerichteten und gestalteten sogenannten Stilräumen den Besuchern Eindrücke vergangener Zeiten möglichst stilecht nahezubringen. 

Heute hat die Ausstellung nicht mehr ganz den bei der Eröffnung 1904 vorhandenen Charakter einer Privatsammlung, bei denen die Objekte oft dicht gedrängt beieinander standen, sondern es wurden unter Berücksichtigung moderner museumspädagogischer Konzepte die Objekte locker im freien Raum verteilt. Modernen Rezeptionsgewohnheiten entsprechend wurde dabei nicht zuviel Kunst auf einen Fleck gequetscht, sondern die Skulpturen stehen teilweise frei im Raum und beziehen ihre Wirkung auf den Betrachter mehr aus sich selbst als aus dem raffinierten Zusammenspiel mit dem sie umgebenden Raum. Historische Ausstattungsdetails wie Böden, Decken oder einzelne Möbelstücke zieren aber auch heute viele der Ausstellungsräume, ergänzt durch 150 dazu passende Tafelbilder aus der Gemäldegalerie.

Die Sammlung des Museums für Byzantinische Kunst zeigt Kunstwerke und Alltagsgegenstände aus Westrom und dem Byzantinischen Reich vom 3. bis zum 15. Jahrhundert und damit aus nahezu dem ganzen antiken Mittelmeerraum. Sarkophage, Plastiken und Ikonen aus dem Oströmischen Reich machen den Großteil der Sammlung aus.

Im Münzkabinett kann immer nur ein kleiner Teil dieser riesigen, 500.000 Stücke umfassenden numismatischen Sammlung gezeigt werden, viele der schönsten Exemplare werden im Pergamonmuseum ausgestellt. Vom Beginn der Münzprägung im siebten vorchristlichen Jahrhundert in Kleinasien bis zur Gegenwart werden im Bode-Museum ca. 4000 Münzen und Medaillen ausgestellt. Insgesamt ist das Bode-Museum auf jeden Fall einen Besuch wert, alleine die imposanten Ausstellungsräume findet man so auch im globalen Maßstab nur selten.